一、审核前准备
首先，确认合同主体资质，检查对方营业执照、税务登记证等，确保其合法经营和纳税资格。
接着，核对合同金额是否与项目预算相符，超出部分需审查审批程序。仔细核对合同正文金额信息，包括各项费用、单价、数量等计算是否准确，与附件资料是否一致，中文大写数与小写数是否相符。
明确合同条款中的金额是价税合计还是不含税，以便正确计算印花税。
对于框架合同，重点审查合同金额合理性，确保在设定的金额上限和下限之间。
二、支付条款审核
审查合同条款是否符合企业信用管理制度。采购合同中，原则上不进行预付款项，按执行进度分批次支付货款，支付比例依据合作商信用等级确定，特殊情况需预付款项要经管理层审批。销售合同重点关注赊销金额、收款时间，尽量缩短回款期限，赊销比例及期限依采购方信用等级定。
同时，检查合同结算方式是否符合公司规定，如规定采用银行转账等电子结算方式，避免现金结算带来的税务风险。若进项税异常，税务局会要求提供合同原件、运输合同及运费转账记录、货物入库单、出库单及银行支付证明等材料。
票据结算方式包括支票、本票、汇票等，需关注汇票到期时间及各类票据的不确定因素和风险。
最后，确保合同正文中收款方账户名称与合同签订方名称一致。
三、发票审核
明确采购合同金额是含税价还是不含税价，影响企业成本。一般纳税人供应商提供不同税率增值税专用发票时，可通过约定计算公式，如不含税采购成本，含税采购成本=不含税价款×（1+对方开具专票的税率），但需注意与税法规定一致。
合同要明确规定取得发票类型为专票或普票，并确保发票内容与业务内容一致。小规模纳税人取得专票不得抵扣增值税，一般要求普票；一般纳税人要求专票用于抵扣，但采购用于进项税额不得抵扣的情况可要求普票。
杜绝模糊表述，发票类型及内容要与合同业务内容、业务性质一致，结合合作对方机构所在地、劳务发生地、业务内容进行判定。
四、税务处理
关注合同类型是否属印花税征税范围内的应税凭证。应税合同要明确金额是含税还是不含税，若仅列示价税合计数，印花税计税依据为含税总价款；若不含税金额及税额单独列示，以不含税价款为计税依据。从印花税角度，合同金额约定不含税金额可简化税负计算，但要符合税法规定。
合同管理要满足内控要求，确保业务往来、融资投资及劳动合同等无争议点，避免风险。合同签订要符合合规性要求，满足国家法律和公司内部制度。
审核合同流程要按企业内部控制制度和合同管理流程进行，符合财务核算要求。
资金风险管控方面，注意发票开具与货物交付的匹配，避免资金流失。
预算方面，预测在册合同及未发生合同的收入支出，确保合同盈利性。
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