上海市税务局、上海市财政局在《我国支持科技创新主要税费优惠政策指引》的基础上编制了《上海市支持科技创新主要税费优惠政策指引》，力求为纳税人提供菜单式和一站式服务,推动税费优惠政策应享尽享。
该指引从创业投资、吸引和培育人才优惠、研究与试验开发、成果转化、重点产业发展、全产业链，这六部分来方便创新主体更好地知悉、理解和查询现行有关税费优惠政策。
其中的政策截取如下：
一、创业投资
公司制创业投资企业采取股权投资方式直接投资于种子期、初创期科技型企业（以下简称初创科技型企业）满2年（24个月）的，可以按照投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该公司制创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。
二、吸引和培育人才优惠
企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额8%的部分，准予在计算企业所得税应纳税所得额时扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
三、研究与试验开发
对内资研发机构和外资研发中心采购国产设备全额退还增值税。
四、成果转化
纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务免征增值税。
五、 重点产业发展
增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按现行税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
增值税一般纳税人将进口软件产品进行本地化改造后对外销售，其销售的软件产品可享受财税〔2011〕100号第一条第一款规定的增值税即征即退政策。
本地化改造是指对进口软件产品进行重新设计、改进、转换等，单纯对进口软件产品进行汉字化处理不包括在内。
六、全产业链
自2016年1月1日起，全国范围内的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本时，个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可根据实际情况自行制定分期缴税计划，在不超过5个公历年度内（含）分期缴纳，并将有关资料报主管税务机关备案。
个人股东获得转增的股本，应按照"利息、股息、红利所得"项目，适用20%税率征收个人所得税。
股东转让股权并取得现金收入的，该现金收入应优先用于缴纳尚未缴清的税款。
在股东转让该部分股权之前，企业依法宣告破产，股东进行相关权益处置后没有取得收益或收益小于初始投资额的，主管税务机关对其尚未缴纳的个人所得税可不予追征。
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